乙腈是一种常用的极性非质子溶剂，被广泛应用与无机化学中用作配配体，不仅如此，乙腈在有机合成中，被用作二碳原料，能够与氯化氢反应得到丙二腈。在高效液相色谱和柱色谱中，乙腈常被用作流动相分离分子。

乙腈在核医学领域可用来合成氟代脱氧葡萄糖等正电子类放射性药品。在合成氟代脱氧葡萄糖的过程中，乙腈的蒸发可带走反应体系中的水分；反应体系中乙腈的含量会严重影响氟代脱氧葡萄糖的合成效率和药品质量；同时，在氟代脱氧葡萄糖的常规质量检验中，乙腈可用于色谱分析。此外，乙腈还作为溶剂和反应体系的基质。

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